
Sin embargo posteriormente sucedieron diversos hechos que obligaron al estado chileno a destinar recursos a la zona de la frontera. Además, durante la Revolución de 1851, el general José María de la Cruz, líder del movimiento golpista, reclutó a varios loncos mapuches y sus clanes para alzarse en armas contra el gobierno, esto lo pudo lograr gracias a la relación de amistad que mantenía el general con los caciques, entre ellos Colipí. Cuando su insurrección fue aplastada por el general Manuel Bulnes, los caciques en vez de rendirse junto a De la Cruz se replegaron a la frontera junto con varios miembros descolgados del antiguo ejército, dedicándose al pillaje y al robo de ganado, por los siguientes 4 años. Esto motivó al gobierno a movilizar al segundo batallón del segundo de línea, hasta enero de 1856. También esto estuvo malo porque aquí los generales se enojaron y con mas ganas de ocupar la Araucanía.
El gobierno de Chile toma la decisión de ocupar efectivamente la Araucanía cuando aparece en la zona, en el año 1861, el francés Orélie Antoine de Tounens, quien intenta crear el Reino de la Araucanía y la Patagonia y se autoproclama rey, tomando el nombre de Orélie Antoine De esta forma, las autoridades deciden aplicar el plan propuesto por el General de Ejército Cornelio Saavedra Rodríguez. Dicho plan incluye no sólo acciones militares, sino además la penetración pacífica de los territorios, mediante el traspaso de la cultura chilena al otro lado de La Frontera. Se busca fundar ciudades, construir obras públicas tales como caminos, telégrafos, y crear escuelas y hospitales. Las tierras incorporadas serían traspasadas a colonos sin ningún costo para fomentar la ocupación de la zona y desarrollar la producción de trigo. En poco tiempo, Cornelio Saavedra puede ocupar la zona que va hasta el río Malleco, lugar donde refunda la ciudad de Angol, los fuertes de Negrete, Mulchén y Lebu, en 1862. Por el territorio costero, alcanza a avanzar hasta el río Toltén. Esta primera ocupación se lleva a cabo con relativamente poca resistencia, pero luego se produce una sublevación de los mapuches que habitan las cercanías del río Malleco, bajo el mando del lonco Quilapán los chilenos querían ocupar la Araucanía lo mas ante posible para que los francés ni tampoco otras persona la ocuparan primeros así que cuando la empezaran a ocupara la iban a poblar.
Después que la tuvieran ocupando tenían que construir escuelas caminos hospitales y todo otro tipo de casas comerciales que pudieran existir desde diciembre de 1867 se habían reunido 4.000 a 5.000 guerreros mapuches en la zona montañosa de Chihuaihue, provenientes de Moquehua, Boroa y La Imperial, los arribanos de Kilapán lograron coordinar una rebelión con los abajinos costeros al mando de Catrileo, Coñoepan, Marileo y Painemal, con 3.000 lanzas cruzaron la cordillera de Nahuelbuta al poniente de Angol y fueron a salir al norte del río Malleco donde unieron sus fuerzas, lograron victorias en Traiguén, Curaco y Perasco gracias a su combinación de la guerra móvil con tacticas de guerrilla.En enero de 1869 1.500 mapuches son derrotados en Chihuaihue por el general José Manuel Pinto, los araucanos se reorganizaron y atacaron Angol, ante esto el Ministro de Guerra, Francisco Echaurren, marchó con refuerzos a Cautín. En la costa el coronel Saavedra ocupó Cañete y Tucapel, sofocando la rebelión de 1.500 guerreros en Purén. El 25 de septiembre los mapuches y el ejército llegaron a un acuerdo en Angol. Kilapán volvió a rebelarse con 3.000 lanzas siendo derrotados el 25 de enero de 1871 por un ejército de 2.500 soldados en Collipulli. La Guerra del Pacífico significó que las fuerzas del ejército de Chile se concentraran en este conflicto en particular, situación que fue aprovechada por los mapuches para lanzar nuevos ataques a los puestos ubicados en las zonas fronterizas. Según el historiador y antropólogo chileno José Bengoa esta fue la primera vez en toda su historia que los muy descentralizados mapuches se unieron en una sola insurrección. Esta nueva sublevación ocurrida en 1880 se materializa en pérdidas para ambos bandos.
Pero las consecuencias que trajo este enfrentamiento fueron contempló la ocupación total de la Araucanía y su consolidación, y con ello la unión efectiva del territorio Chileno. De ese modo, el gobierno chileno llevó finalmente a cabo uno de sus principales proyectos de Estado, anhelado incluso desde la época de los españoles, quienes en el período colonial no lograron instalarse en la Araucanía.Tras su derrota, los mapuches fueron concentrados en "reducciones", pequeñas reservas generalmente separadas unas de otras por áreas ocupadas por inmigrantes chilenos y europeos, para 1929 existían 3.078 reservas comprendidas en 525.000 hectáreas que eran consideradas una concesión del estado chileno y de propiedad comunal para los indígenas y que recibían el nombre de "títulos de merced". Usualmente la tierra asignada, que representaba el 6.18% del territorio ancestral mapuche, era de clima severo e infértil lo que unido al antiguo estilo de vida seminomada de los mapuches y a su organización social de clanes y familias generaron conflictos internos entre ellos, sin embargo los mapuches demostraron una gran capacidad para adaptarse a esta nueva situación. Estas fueron muy favorables para los chilenos ya que quedaban con la victoria final. En los territorios ocupados se les entregaron tierras a colonos chilenos y europeos, principalmente españoles, alemanes, franceses, italianos, ingleses, suizos y del resto de Europa, en total al año 1901 llegaron 36.000 europeos, 24.000 contratados por la agencia de colonización y 12.000 llegaron por sus propios medios. En 1934, 477 campesinos y mapuches que se habían rebelado contra, los que consideraban, abusos por parte de los administradores de los aserraderos instalados en la recientemente abierta región del Bio-Bio fueron muertos por el ejército chileno en la llamada Masacre de Ránquil, otros 500 fueron hechos prisioneros y según denunció el senador por Temuco Juan Pradenas Muñoz solo 23 fueron conducidos la capital para ser sometidos a juicio siendo los restantes presumiblemente desaparecidos.